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名前、素性は途中で変更できない。
名前に関しては没入感を損なう程度で済むが、素性は戦闘のプレイスタイルに影響してくる。
全部で16個と非常に多いのでどれが良いのか決めかねる人は、こちらを参考にすると良いだろう。
鬼炎（グロウリーモード）はゲームの途中で獄炎（サバイバルモード）に変更できない。
後者の方が単純に難易度が高いだけなのだが、緊張感のある戦いを求めるならば獄炎を維持するようにしよう。
以下の３組は、どちらか一方しか仲間にならない。
それぞれに個性があるので、悩む場合はキャラクターページを参考に考えよう。
多くいる仲間の中には、特定条件で仲間フラグが折れるものがいる。
フラグが折れる原因とその回避策を表でまとめる。
| 原因 | 回避策 |
| 帝国城 外郭にて、襲われているセイメイの救出に失敗 | ・救出要請が出てから、助けるまでエリア移動しない ・余計な戦闘を挟まない ・救出戦で逃走、敗北しない |
| 蒼の天山 迷いの森にて、襲われているセイメイの救出に失敗 | 同上 |
| ↑の場所にて、セイメイの感謝に対してロアを要求した | ・「どんな職業を？」で答える |
| 原因 | 回避策 |
| 蒼の天山 大滝の洞窟にて、四神青竜を先に倒した | ・巨木の霊峰でのイベントが終わるまで、青竜を倒さない |
| 蒼の天山 巨木の霊峰にて、妖狐の依頼を先に受けた | ・斉天大聖と先に戦って倒しておく |
| 原因 | 回避策 |
| 朱の廓山 断崖の浄火にて、四神朱雀を先に倒した | ・戦争に勝利するまで、朱雀を倒さない ・トモエが一時加入中＆草薙之剣を入手していない場合に限り、朱雀を倒した後で草薙之剣を取得しない |
| 原因 | 回避策 |
| 銀の楼山 磁水晶の洞窟にて、四神白虎を先に倒した | ・占星街でテオを仲間にするまで、白虎を倒さない |
一部のアイテムには、時期限定のものが存在する。
それぞれ大したものではないので、取り逃すことによるデメリットは小さい。
| エリア | アイテム | 入手限定時期 |
| 帝国領 イグニスの部屋 | ディンブラの雫 | オープニングの間のみ。 崩壊後に訪れると、別のアイテムに変わっている |
| 朱の廓山 黒熔の鎖城 軍港 | 魔炎の宝玉 | 戦争に勝利後、軍港からエリア移動すると 軍港に入ることができなくなる |
| 銀の楼山 ゼノのラボ | 火炎瓶 | 浄水瓶を手に入れると 購入機会がなくなる |
聖杯入手後、神凪の巫女から各種火種を購入することができる。
しかし、四神を全て倒すと火種購入のフラグが消えてしまう。
挙句の果てには鬼神を復活させると、神凪の巫女が消滅してしまう始末。
生命や気力の火種が買えないことはもちろん要注意なのだが、一番困るのは継承の火種が買えなくなること。
鬼神から神炎を授かれば、火種の購入は鬼神が引き受けてくれる。
しかし逆に言えば、鬼神から神炎を授からない限りは「４つ目の継承の火種が絶対に手に入らない」のである。
特に専技「灰神」の最終強化ができないため、このスキルの真価を発揮するためには神炎の授かりが必須となる。
